Секретариат Российского Пагуошского комитета при Президиуме РАН обеспечивает повседневную организацию деятельности Комитета, его региональных и Молодёжного отделений, научно-проблемных секций и комиссий. В функции Секретариата также входит научно-информационное обеспечение деятельности Комитета, поддержание рабочего взаимодействия с аппаратом Президиума РАН, региональными отделениями и региональными научными центрами РАН, аппаратами отделений РАН по областям и направлениям науки.

Секретариат поддерживает на регулярной основе постоянное взаимодействие с Международным секретариатом Пагуошского движения учёных, национальными Пагуошскими комитетами различных стран. Секретариат принимает непосредственное участие в подготовке, организации и проведении Пагуошских мероприятий в Российской Федерации, а также за рубежом.

Секретариат обеспечивает деятельность сайта Российского Пагуошского комитета, иных информационных электронных систем, а также деятельность архива и библиотеки Комитета. В функции Секретариата входит осуществление взаимодействия с общественными объединениями, средствами массовой информации и отдельными гражданами.

Руководителем Секретариата является учёный секретарь Российского Пагуошского комитета. Секретариат действует под общим руководством председателя Комитета.

Учёный секретарь Комитета - руководитель Секретариата Комитета осуществляет свою деятельность на основании Устава Российской академии наук, нормативно-правовых актов Президиума РАН, а также в соответствии с Положением о Российском Пагуошском комитете. Учёный секретарь Комитета непосредственно подчинён председателю Комитета.

В разные годы в состав секретариата Комитета на штатной основе входили административные сотрудники - референты и секретари Комитета. В настоящее время член Бюро Молодёжного отделения Российского Пагуошского комитета Дмитрий Сергеевич Колганов исполняет обязанности помощника учёного секретаря Комитета.

Руководителями Секретариата Российского Пагуошского комитета с момента его основания в августе 1957 года являлись:

1. Владимир Павлович ПАВЛИЧЕНКО (1923-1991), ответственный секретарь Советского Пагуошского комитета с августа 1957 года по май 1967 года и с декабря 1973 года по январь 1991 года; исполнительный заместитель председателя Комитета с февраля 1990 года по январь 1991 года.

2. Игорь Георгиевич ПОЧИТАЛИН (р. 1934; лит. псевдоним Игорь Крумин), учёный секретарь Советского Пагуошского комитета с июня 1967 года по июнь 1973 года.

3. Владимир Владимирович ВОЛГИН, учёный секретарь Советского (с декабря 1991 года - Российского) Пагуошского комитета с февраля 1991 года по апрель 1994 года.

4. Валентин Михайлович ИВАНОВ (1927-2003), исполняющий обязанности ответственного секретаря Российского Пагуошского комитета с декабря 1995 года по декабрь 1998 года.

5. Михаил Александрович ЛЕБЕДЕВ (р. 1977), ответственный секретарь Российского Пагуошского комитета с мая 1999 года по май 2009 года; учёный секретарь Комитета с мая 2009 года.