Российский Пагуошский комитет осуществляет взаимодействие со многими государственными и академическими учреждениями, а также с неправительственными организациями и независимыми исследовательскими центрами.

Несмотря на то, что проведение международных Пагуошских встреч, как правило, не предполагает соорганизаторов, тем не менее члены Комитета принимают активное участие в деятельности многих государственных, научных и общественных структур. А ведущие специалисты и эксперты наших партнерских организаций активно выступают с докладами и сообщениями на многочисленных Пагуошских форумах, играя существенную роль в подготовке и выработке рекомендаций по решению вопросов разоружения, безопасности и научного сотрудничества.